常規的生物處理法通過剩余污泥排放和處理可以從廢水中去除部分磷，一些特殊工藝或經過調整運行方式以后具有除磷功能的普通工藝可以取得較好的除磷效果。

1、溶解氧

首先必須在厭氧區嚴控制的厭氧環境，這直接關系到聚磷菌的生長狀況、釋磷能力及利用有機基質合成PHB的能力。其次是必須在好氧區供給足夠的溶解氧，以滿足聚磷菌對儲存的PHB進行降解，釋放足夠的能量供其過量攝磷。一般厭氧段的DO要嚴格控制在0.2mg/L以下，而好氧段的DO要嚴格控制在2mg/L以上。

2、硝態氮

硝態氮包括硝酸鹽和亞硝酸鹽，硝態氮的存在也會消耗有機基質而抑制聚磷菌對磷的釋放，從而影響好氧條件下聚磷菌對磷的吸收。另外硝態氮的存在會被部分聚磷菌作為電子受體進行反硝化，從未影響其以發酵產物作為電子受體進行發酵產酸、抑制聚磷菌的釋磷和攝磷能力及PHB的合成能力。

3、溫度&pH值

一般來說，在5~30℃范圍內，都可以收到較好的除磷效果。pH值在6~8范圍內，磷的釋放比較穩定。

4、BOD負荷和有機物性質

一般認為進水中的BOD5/TP要大于15，才能保證聚磷菌有足夠的基質，從而獲得理想的除磷效果。為此可以采用部分進水和跨越初沉池的方法，獲得除磷所需的BOD5量。泥齡：一般以除磷為目的的生物處理系統的泥齡控制在3.5~7d。